Genom merupakan keseluruhan DNA yang dimiliki oleh organisme termasuk di dalamnya gen. Beberapa perbandingan besaran genom, pada E. coli 4,6 juta; yeast 15 juta; dan manusia memiliki 3 milyar.
Gen merupakan
dasar dari unit fisik dan fungsi yang dapat diwariskan. Sebuah gen merupakan
sekuens spesifik dari basa nukleotida yang membawa informasi yang diperlukan
untuk mengkostruksi protein sebagai landasan dalam membangun komponen
struktural dari sel dan jaringan ataupun sebagai enzim dalam reaksi esensial
biokimia.
Molekular
mapping terdapat 2 tipe:
1.
Physical
map
2.
Genetic
map
Physical map à jarak
diukur dalam urutan nukleotida (beberapa persyaratan seperti gen acuan, sifat
minimal dihibrid, adanya crossing over, dll)
Physical map
secara umum dibagi menjadi 3 tipe,:
1. 1. Chromosomal
atau cytogeneticmaps
2. 2. Radiation
hybrid (RH) maps
3. 3. Sequence
maps
Atau
1. 1. In
Situ Hybridization (ISH)
2. 2. Restriction
Mapping
3.
Other
method
a.
Chromosome
walking
b.
Chromosome
jumping
c.
Radiation
hybrid mapping
d.
QTL
mapping
Sementara
untuk Molecular Genetic Map yaitu dengan memanfaatkan
marka molekular
1.
Restriction Fragment Length
Polymorphism (RFLP): menggunakan
enzim restriksi DNA dalam memotong sekuens spesifik
2.
Random Amplified Polymorphic DNA
(RAPD): sekuens
oligonukleotida pendek, bersifat random (primer), panjang berkisar 8-10
nukleotida
3.
Amplified Fragment Lentgh Polymorphism
(AFLP): berdasarkan
pada amplifikasi selektif dari potongan DNA hasil restriksi genomik total
dengan enzim restriksi endonuklease
4.
Variable Number Tandem Repeats (VNTR): sekuen DNA yang bermotif pendek dan
diulang secara tandem dengan 2-5 unit nukleotida yang tersebar dan meilputi
seluruh genom
5.
Sequence-tagged Sites (STS): merupakan hasil sekuensing fragmen
RFLP, RAPD, AFLP atau gen yang sudah diketahui ukurannya
6.
Single Nucleotide Polymorphism (SNP): mutasi titik pada suatu nukelotida
yang disubstitusi oleh nukleotik lain pada lokus tertentu
